David Kendall, a demokrata párti elnökjelölt-aspiráns ügyvédje közölte, hogy Clinton stábja együttműködik a nyomozással. Két, neve elhallgatását kérő kormányzati tisztségviselő a lapnak elmondta, hogy a vizsgálat nem Clinton ellen irányul. Az FBI kikérdezte Kendallt annak a birtokában lévő pendrive-nak a biztonságosságáról, amelyen Clinton miniszteri munkalevelezésének másolatát tárolják. A szövetségi hatóság ugyancsak felvette a kapcsolatot a denveri Platte River Networks elnevezésű céggel, amely 2013 óta kezeli az adatokat a Clinton házaspárnak a New York állambeli Chappaquában lévő otthonában telepített szerveren.

Az FBI érdeklődését az keltette fel, hogy a titkosszolgálatok főellenőre júliusban jelezte az igazságügyi minisztériumnak: nem kizárt, hogy kényes információk kerülhettek illetéktelenekhez azáltal, hogy Clinton nem a kormányzati levelezési rendszert, hanem a saját szerverét használta kommunikációra. A washingtoni lap kiderítette, hogy a Chappaquába telepített szervert Hillary Clinton eredetileg a 2008-as elnökválasztási kampánya idején használta. A gépet akkor helyezték üzembe, amikor a volt first lady a diplomáciai tárca vezetésének átvételére készült. Annak a komputernek a helyébe állították be, amelyet korábban Bill Clinton használt, abból a megfontolásból, hogy egy aktív kormánytagnak nagyobb kapacitású számítógépre van szüksége.

A gépet Clinton stábjának informatikusai tartották karban, akiknek különleges biztonsági képesítésük nem volt. A feladatot a Platte River azt követően vette át, hogy a rendszer több napra összeomlott a Sandy hurrikán után, amely 2012 októberében csapott le New Yorkra. A volt külügyminiszter márciusban arra hívta fel a figyelmet, hogy a szerver biztonságára a volt elnökök védelméért is felelős szolgálat, a Secret Service felügyelt.

Az e-mail-ügy 2014 nyaráig nyúlik vissza, amikor az amerikai külügyminisztérium jogászai, akik egy kongresszusi adatkérelem teljesítésén dolgoztak a bengázi amerikai képviselet ellen 2012-ben végrehajtott fegyveres támadás ügyében, rájöttek, hogy nem minden irathoz férnek hozzá. 2014 októberében a diplomáciai tárca felkérte négy volt vezetőjét, hogy szolgáltassa be a birtokukban lévő e-maileket. Decemberben Clinton, aki 2013 elején távozott hivatalából, 55 ezer oldalnyi hivatalos levelet bocsátott a minisztérium rendelkezésére. Mint mondta, a magánlevelezését töröltette a szerverről. A The New York Times című lap márciusban közölte, hogy Clinton tárcavezetőként kizárólag a privát e-mail-szerverét használta. Ezt ő kényelmi okokkal magyarázta, azzal, hogy nem akart több okostelefont hordani magánál, csak egyet.