A Nemzeti Fejlesztési Ügynökség közleménye szerint az Európai Bizottságnak a Nemzeti Fejlesztési Terv benyújtásától, tehát 2006. november 28-tól kezdődően 3 hónapja van arra, hogy kérdéseket intézzen a tagállamokhoz. A fejlesztési tervvel kapcsolatban a bizottságnak csak tudomásul vételi joga van. A tárgyalások során az EB az unió átfogó céljainak való megfelelést vizsgálja, különös tekintettel a klímaváltozásra, valamint az esélyegyenlőség érvényesülésére. A Brüsszel által megvitatni javasolt kérdések között szerepel például a környezetvédelmi és a közlekedési ráfordítások arányának esetleges módosítása, vagy a versenyképességi célú források további növelése. A magyar kormány célja az, hogy a magyar célkitűzéseket az uniós elvárásokkal összeegyeztesse, a nemzeti érdekeket messzemenőkig képviselje, érvényesítse. A bizottság regionális politikáért felelős igazgatója, Alejandro Checchi Lang január közepén tett budapesti látogatását követő sajtótájékoztatón elmondta, hogy a bizottság elégedett azzal, ahogyan Magyarország igénybe kívánja venni az európai uniós támogatásokat, a benyújtott stratégia megalapozott. Az igazgató akkor hangsúlyozta: Magyarország az elsők között adta be nemzeti fejlesztési tervét és az operatív programokat, így az elsők között lehet a kohéziós forrásokat lehívó országok között is.