Az EP képviselő levelét a nol.hu idézi, amelyből az rajzolódik ki, hogy a támogatások odaítélésénél rendszerszintű problémák mutatkoznak. A felzárkóztatási támogatásokért felelős főigazgató válasza szerint a 2007-2013-as programozási időszakra vonatkozóan az Európai Regionális Fejlesztési Alap (ERFA) és a Kohéziós Alap programjai közül a Gazdaságfejlesztési Operatív Program (OP), a Dél-dunántúli OP, az Észak-alföldi OP, az Észak-magyarországi OP, a Közép-dunántúli OP, a Nyugat-dunántúli OP, a Társadalmi Infrastruktúra OP, a Közép-magyarországi OP és a Közlekedés OP esetében, az Európai Szociális Alap programjai közül pedig Társadalmi Megújulás OP esetében függesztették fel a kifizetéseket valamilyen szabálytalanság miatt. A Társadalmi infrastruktúra OP és a Társadalmi megújulás OP is teljes egészében leállt a bizottsági közbelépés nyomán, a többi operatív programnál részleges felfüggesztést írt elő az uniós testület.

Deffaa Jávornak írt válaszából kiderült továbbá, hogy a Gazdaságfejlesztési OP esetében Magyarország nem arra költötte az uniós forrásokat, mint amiben Brüsszellel megegyezett, és általános volt a támogatott beruházások túlárazása.

Az egyes földrajzi régiók, illetve a közlekedés fejlesztését célzó operatív programok a potenciális pályázók körét indokolatlanul leszűkítő pályázati kritériumok miatt akadtak fent a bizottság szűrőjén. Ebben a körben az aszfaltügy keltette a legnagyobb visszhangot, az uniós kifogás miatt 48 milliárd forintos büntetést kell fizetnie Magyarországnak.

A Társadami megújulás OP-nál a túlárazás, illetve az értelmetlen és az előzetesen rögzített célokkal sokszor ellentétes hatású projektek támogatása miatt avatkozott közbe a bizottság, itt 40 milliárd forint került veszélybe az Öveges programként elhíresült tanterem-felújítási és tanagyagírási visszaélés-sorozat miatt. A Társadalmi infrastruktúra OP esetében a pályázatok ellenőrzését találták elégtelennek a brüsszeli ellenőrök, és szintén tízmilliárdos nagyságrendű büntetést helyeztek kilátásba.