A kormány a Pénzügyminisztériumot (PM) jelölte ki a strukturális és kohéziós alapok kifizető hatóságának (KH). A KH feladatai közé tartozik, hogy kezeli az alapokból származó, számlákon lévő - előleg, közbenső kifizetések, záróegyenleg formájában érkező - kifizetéseket, és az irányító hatóság által lehívott kifizetések, azaz a közösségi hozzájárulás folyamatos rendelkezésre bocsátását. Gondoskodnia kell arról is, hogy a végső kedvezményezett a lehető leggyorsabban megkapja az alapokból a teljes hozzájárulást.
KH-ként a PM-nek kell igazolnia a jövőben a költségkimutatások pontosságát és a számviteli rendszerekből származó eredmények, adatok ellenőrizhető dokumentumokkal való alátámaszthatóságát is. A PM dolga lesz, hogy összeállítsa a tárgyévre és a következő évre vonatkozó kifizetési előrejelzéseket is, majd ezeket évente, legkésőbb április 30-áig eljuttassa az Európai Bizottsághoz. Gondoskodnia kell az irányító hatóságok által visszafizetett, az alapokból származó összegek megtérítéséről és az adminisztratív vagy a program irányítása során bekövetkezett szabálytalanságok következtében szükségessé váló pénzügyi korrekciók végrehajtásáról.
