Hosszú szünet után, 2004. április 13-án kezdődtek újra a tárgyalások Szlovákiával a Hágai Nemzetközi Bíróság bős-nagymarosi vízlépcsőrendszerrel kapcsolatos döntésének végrehajtásáról. A felek tavasszal egyebek mellett megállapodtak arról, hogy a tárgyalásaikat a korábban megkezdett szakértői szinten folytatják, közös gazdasági szakértői munkacsoportot állítanak fel, valamint megvizsgálják, hogy milyen lehetőségeket kínál az Európai Unió Víz Keretirányelve a környezeti kérdések megoldására.
A tárgyalások későbbi szakaszában képviselendő, széles társadalmi és tudományos alapokon nyugvó magyar álláspont kialakítása érdekében a környezetvédelmi és vízügyi miniszter kezdeményezésére a tudományos műhelyek, a helyi önkormányzatok és az ügy iránt elkötelezett civil szervezetek képviselői írásban fogalmazták meg véleményüket, javaslataikat. Ezekre és a nyáron készült szakmai összefoglaló anyagokra alapozva készül az előterjesztés a kormányhatározatról, amelynek tervezetét az érintett minisztériumok képviselőiből álló tárcaközi bizottság 2004. szeptember 30-án megvitatta.
A tervezet megfogalmazza a magyar-szlovák tárgyalásokon követendő alapelveket és álláspontot. Ezek között szerepel, hogy a magyar küldöttség a hágai ítélet maradéktalan végrehajtására, s ennek érdekében jóhiszemű, előfeltételek nélküli tárgyalásokra törekszik Szlovákiával. A hágai ítéletnek megfelelően ugyanakkor sem a bősi vízerőmű alatti folyószakaszon létesítendő második vízlépcső megvalósítását, sem pedig a dunacsúni duzzasztómű lebontását nem kívánja felvetni a tárgyalásokon.
További alapelv, hogy a szükséges műszaki beavatkozások a lehető legkisebb természetátalakító hatással járjanak. Érvényesíteni kell, hogy a bősi vízlépcső üzemelése miatt csökkentett vízhozamú térségekben is a fenntartható környezeti állapotot biztosító elegendő vízhozam álljon rendelkezésre, és lehetőleg a természet önszabályozó működéséhez közelítő állapotok jöjjenek létre.
Mindezeken túl törekedni kell olyan élőhelyek kialakítására, amelyek képesek a biológiai sokféleség megőrzésére és lehetővé teszik a tájhoz alkalmazkodó területfejlesztést, a fenntartható hozam elveire épülő hasznosítást, ide értve a mezőgazdaságot, a halászatot, az erdő-, és vadgazdálkodást, valamint a turizmust. Sarkalatos tárgyalási pont, hogy az ökológiai vagy tájvédelmi szempontból értékes területek kerüljenek természetvédelmi oltalom alá.
A tudósok és a civil szervezetek többsége a mai megbeszéléseken alapvető elvárásként fogalmazta meg, hogy a Szigetközben a jelenleginél több vizet kell a Duna főágába juttatni, illetve helyre kell állítani a természetes vízdinamikát és meg kell teremteni a hullámtér rendszeres árvízi elárasztásának feltételeit. Jó néhányan hívták fel a figyelmet az EU Víz Keretirányelvének alkalmazására, mint a vita egyik fő rendező elvére. Szintén egyetértés mutatkozik abban, hogy a megoldandó problémák többsége a Pozsony-Szap közötti Duna szakaszon található.
