Nem teljesülnek előreláthatólag a Nemzeti fejlesztési terv célkitűzései az Állami Számvevőszék jelentése szerint. A kiemelt célok (területi kohézió erősítése, gazdasági növekedés, foglalkoztatás javítása) többek között a külső környezet kedvezőtlen változása, a gazdasági válság, a költségvetési kiigazítás, illetve a konvergenciaprogram hatásai miatt nem fognak teljesülni. Az NFT keretében 2004-2006-ban 509 milliárd forint uniós forrás állt rendelkezésre. Az Új Magyarország fejlesztési terv első három éve alatt a források 44 százalékáról született döntés, ám a kifizetések csak nagyon lassan teljesültek: az év végére csak a források kilenc százaléka ért célba. A jelentés szerint a folyamatok felgyorsultak ugyan, ám az előrehaladás még mindig lassú.
A szabálytalanságok és követelések kezelésével kapcsolatban az ÁSZ megjegyezte, hogy egy sor ügyletet nem számolt el a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség szabálytalanságként. Ide tartoznak az uniós ellenőrzések következtében végrehajtott pénzügyi korrekciók, például a csepeli szennyvíztisztító, a négyes metró vagy az M0-s fejlesztése esetében. Ezek hatásaként a költségvetést több tíz milliárd forint többlet terhelte. Az NFÜ kedvezményezettekkel szembeni szabálytalanság miatti követeléseinek összege az uniós forrásokat érintve 25,6 milliárd forint volt a 2004-2009 közötti időszakban.
