Magyarországon az uniós források felhasználását alapvetően három szinten ellenőrzik. Először a pályáztatók vizsgálják a végrehajtási folyamatot, részben dokumentumok alapján, részben pedig véletlenszerűen, a helyszínen. A második szintet az intézményes ellenőrzési módok jelentik: minden közreműködő szervezetnél működik belső ellenőrzés, illetve a forrásgazda Nemzeti Fejlesztési Ügynökség (NFÜ) is felügyeli a pályáztató szervezeteket. Ezenfelül a Kormányzati Ellenőrzési Hivatal (Kehi) legalább a projektek 5 százalékát ellenőrzi, és erről beszámol az Európai Bizottságnak (EB). (A Kehi az irányítási és ellenőrzési rendszerek vizsgálatáról is küld jelentést az EB-nek.) Végül az Állami Számvevőszék, az EB és az Európai Számvevőszék is vizsgálja az intézményrendszer egészét: a pályáztató szervezeteket, minisztériumokat, az irányítási és ellenőrzési rendszert. Az ellenőrzések célja például az olyan esetek megtalálása, amikor az uniós vagy a magyar jogszabályok megsértésével indokolatlan kifizetések történnek a közösségi vagy a nemzeti költségvetésből.
Az NFÜ 2007 első három negyedévében az Európai Csalásellenes Hivatal (OLAF) magyarországi irodájának 46 olyan, 10 ezer euró feletti esetet jelentett, amelyek kapcsán szabálytalanságot vizsgált. A feltárt szabálytalanságok miatt eddig 95 millió forint értékben fizettették vissza a támogatásokat.
