A kutatás-fejlesztés és a hozzá kapcsolódó adó-, adóalap- és járulékkedvezmények évek óta slágertémát jelentenek nemcsak a k+f beruházások tervezésénél, de az adóhatósági ellenőrzések során is. Éveken át külön iparág szakosodott arra, hogy a kedvezményekkel éljen vagy visszaéljen, így érthető, sőt támogatandó, hogy a szabályozást egyértelműbbé, átláthatóbbá és valamelyest szigorúbbá tették. A korábbi évek rossz tapasztalatai azonban mind a mai napig meghatározóak a rendszerben.
A régi, adózók és jogalkalmazók számára is követhetetlen szabályozást igyekezett kijavítani vagy legalább egységesíteni a 2012 januárjától bevezetett új rendszer, amely az elérhető kedvezményekkel kapcsolatban egységesítette a kutatás-fejlesztés definícióit, valamint szakértő szervezetet jelölt ki a k+f tevékenységek minősítésére. A nemes feladatot a Szellemi Tulajdon Nemzeti Hivatalának (SZTNH) erre a célra létrehozott szerve kapta, mondván, a szabadalmi ügyek elbírálása kapcsán ők már rendelkeznek a minősítéshez szükséges tapasztalt szakembergárdával és szaktudással is. Bár az SZTNH által elbírált ügyek között bőven találunk a szakértők által is kutatás-fejlesztésnek ítélt projekteket, sokszor még ez is kevés ahhoz, hogy a ténylegesen k+f-nek minősülő tevékenység költségeihez kapcsolódó kedvezményeket nyugodt szívvel vehessék igénybe az arra jogosult társaságok.
A Nemzeti Adó- és Vámhivatal munkatársainak hozzáállása ugyanis sok esetben ma is a rossz értelemben vett \"k+f ipar\" visszaéléseiből építkezik. Ez részben érthető is volna, viszont nem igazán támogatja a jogalkotói szándékot, vagyis a kutatás-fejlesztés ösztönzését. Az ellenőrzések alkalmával bármely k+f kedvezmény alkalmazásának egyenes következménye az alaposnál is alaposabb részletes vizsgálat, amely a kutatás-fejlesztés intézményesült minősítésével már \"csak\" a dokumentációra terjed ki. Az ellenőrök gyakran továbbra is kapva kapnak az alkalmon, hogy a k+f tevékenységgel kapcsolatban alkalmazott kedvezmények, adóalap-csökkentő tételek jogosságát megkérdőjelezzék. Bár a kedvezmények alkalmazását alátámasztani hivatott dokumentáció kötelező tartalmára vonatkozóan nincs részletes jogszabályi előírás, leggyakrabban éppen ezzel szemben merül fel kifogás. Ezen az alapon pedig előszeretettel utasítja el az adóhatóság a k+f kedvezmények alkalmazását.
Sajnos olykor ez a megközelítés dívik olyan esetekben is, amikor az adózó valóban kutatás-fejlesztést végez: új eredményeket, technológiai előnyt, versenyképességet és munkahelyeket teremt, végső soron pedig Magyarországon adózó jövedelmet generál. Ennek üzenete ugyanakkor nemcsak a már hazánkban működő, komoly összegeket a fejlesztéseikbe invesztáló társaságok számára lehet negatív, de az esetlegesen az országban beruházást tervező külföldi vállalatok döntéshozóit is gondolkodóba ejtheti. Túl azon, hogy így a tervezett beruházások elmaradhatnak, egy esetleges negatív ellenőrzési tapasztalat akár a szándékolt ösztönzéssel ellentétes hatást, rosszabb esetben a vizsgálatot \"elszenvedő\" társaság kivonulását is eredményezheti Magyarországról.
Hiába tehát az alapvetően jól csengő ösztönzők, a kutatás-fejlesztéshez kapcsolódó adóelőnyök rendszere, ha az azt alkalmazó adózó remegve várja az ellenőrzést. Hogy ez a probléma a dokumentációs kötelezettség szabályozásával megoldható-e, erősen kérdéses. Jobb esetben a jogalkotó és a jogalkalmazó céljainak összehangolása vezethet megfelelő eredményre.
