Matolcsy György magánéletéről keveset tudni, de annyi ismert, hogy eddig kétszer házasodott.
A Blikk híradása szerint az első felesége Matolcsy Gyöngyi volt, akivel több mint harminc évig élt házasságban, majd elváltak.
Az első házasságából gyermekei is születtek, köztük Matolcsy Ádám, akinek a neve szintén az MNB-alapítványok ügye kapcsán lett ismert, és akivel kapcsolatban felvetődött, hogy az értéktárgyait Dubajba szállította.
Matolcsy Ádám ugyanakkor azt hangsúlyozta, hogy minden vagyona törvényes és átlátható módon keletkezett, és azt állította, az MNB-alapítványok ügyeiben semmilyen módon nem vett részt, az alapítványi vagyonból pedig semmi nem hiányzik.
Matolcsy György később elvált, majd 2017-ben újra megnősült. A jelenlegi felesége, Vajda Zita korábban az MNB nemzetközi titkáraként és a Pallas Athéné Geopolitikai Alapítvány munkatársaként dolgozott.