Önállóan működő és gazdálkodó Szent Margit Kórház létrehozását kezdeményezi a Fővárosi Önkormányzat a Nemzeti Erőforrás Minisztériumnál (Nefmi). A kórházat 2008 januárjában a Fővárosi Önkormányzat Szent János Kórház és Észak-budai Egyesített Kórházai elnevezésű összevont intézménybe integrálták. Leválasztásáról már korábban is tárgyalt a Fővárosi Közgyűlés, arra hivatkozva, hogy a Semmelweis terv szerint Budán egy sürgősségi centrumot hoznának létre, a Margit Kórház pedig nem fér bele a profilba. Akkor arról döntöttek, hogy megvizsgálják az intézmény önállósodásának lehetőségét. A kórházak állami kézbe adása miatt azonban az önállóság visszaállításáig nem jutott el a főváros. A megállapodástervezet szerint az önálló intézményt 2012. május 1-jétől kellene létrehoznia a minisztériumnak, az ezzel kapcsolatos folyamatok koordinálásába pedig bevonja a főváros szakértőit.
