A várakozásokhoz képest egyelőre sokkal kevesebb áfát kellett az államnak visszafizetnie amiatt, hogy 2004 májusától 2005 végéig nem engedte levonni az áfát az uniós támogatások után. Az állam csak a támogatás fejében megkövetelt önrész után tette lehetővé az adó levonását, így a teljes beruházás költségét arányosítani kellett. Ezt támadta meg egy magyarországi vállalkozás az Európai Bíróságon, és az április végén kihirdetett ítélet szerint a magyar állam szabálytalanul járt el. A kormány október 20-ai határidővel tette lehetővé, hogy a cégek egy önellenőrzés keretében visszakérjék a korábban visszatartott áfát. Pontos adatok nem álltak rendelkezésre azzal kapcsolatban, hogy hány társaságot és milyen áfaösszeget érinthet az ügy, a becslések azonban 60 milliárd forintra tették a teljes visszatartott áfatömeget. Ehhez képest az október 26-áig feldolgozott adatok alapján mindössze 8,39 milliárd forintot kellett az adóhatóságnak kifizetnie áfa és 2,99 milliárd forintot késedelmi kamat címén. Ezt 11 ezer ügylet alapján érvényesítették a vállalkozások.
Összesen 2901 társaság nyújtott be önrevíziót az áfaarányosítással kapcsolatban, a teljes visszakért áfa pedig 39,48 milliárd forintot tett ki. Az adóhatóság még nem tudott minden bevallást feldolgozni, vagyis az eddig visszafizetett 8,39 milliárd forint még emelkedhet. Kiindulva abból, hogy a társaságok összesen ennek ötszörösét szeretnék visszakapni, feltételezhető, hogy a még fel nem dolgozott bevallásokban nagy összegű visszaigénylések szerepelnek.
Ebbe a körbe tartozhat a MÁV is. A vasúttársaság összesen 19 milliárd forint áfa-visszaigénylésre lenne jogosult, ám Hónig Péter közlekedési, hírközlési és energiaügyi miniszter azt kérte a társaságtól, hogy ne igényelje vissza azt. Erre a MÁV vezetése úgy reagált, hogy ez kimerítené a hűtlen kezelés fogalmát.
