A számvevők jóval nagyobb összeget érintő észrevételeket tettek az 1999-es tb-zárszámadással kapcsolatban, igaz, az alrendszer hiányát azok a javaslatok nem befolyásolták. Utólag több mint 20 milliárd forintot kellett akkor átcsoportosítani az összesen 48,8 milliárd forint deficittel záró két tb-alap között. Ebben az időszakban ugyanis még azonos kincstári számlára kerültek a befizetett egészségbiztosítási és nyugdíjjárulékok, amelyeket évközben egy előzetesen megállapított arány szerint osztottak szét az alapok között. A konstruált arányszám szerinti bevétel azonban eltérhetett a tényleges befizetések alapján járó bevételtől, mint ahogy ez történt ebben az esztendőben is.
Baka Zoltán