A jövő évi áfamódosítás révén jelentős változás lesz az adminisztrációban is. A termékértékesítéshez hasonlóan a szolgáltatásokat is áfamentesen lehet intézni közösségen belül - ha mindkét fél rendelkezik közösségi adószámmal, akkor az áfát a vevő számítja fel és helyezi levonásba. Ezzel együtt azonban a szolgáltatások esetében is el kell majd készíteni negyedévente az összesítő nyilatkozatokat, vagyis minden teljesített és kapott közösségi szolgáltatást nyilván kell tartani és azt az adóhatóságnak meg kell küldeni.
Fontos változás lesz emellett az az általános, vagyis nemcsak a szolgáltatásokra vonatkozó szigorítás, amely szerint ha negyedéves viszonylatban a nettó értékesítés vagy szolgáltatás meghaladja a százezer eurót, akkor az összesítő nyilatkozatokat nem negyedévente, hanem havonta kell elkészíteni. Ennek az lehet az értelme, hogy a nagy összegű áfacsalásokra gyorsabban fény derüljön. Hiába kell ugyanis a nyilatkozatokat megküldeni, mire a szálak összeérnek - vagyis két tagállami adóhatóság összefésüli az adatokat -, addigra a csalók már tetemes kárt okoztak és sok esetben a nyomukra sem lehet bukkanni. A nehézkes közösségi adminisztráció miatt ugyanis egy-egy ilyen ügy legkorábban fél évvel, de az sem ritka, hogy egy-másfél évvel a csalás után derül ki. A havi összesítéssel azonban ez az átfutási idő jelentősen rövidülhet. Szintén a csalások visszaszorítása miatt kerülhetett a javaslatba az a szigorítás, amely külföldi cégeknél minden ezer eurót meghaladó áfa-visszatérítés esetében megköveteli, hogy az ügylet teljesítését igazoló dokumentumot, szerződést az adózó csatolja a visszaigénylő kérelméhez. A visszaigénylési kérelemre vonatkozó szabályozás jövőre bekerül az áfatörvénybe, ez részletesen tartalmazza, milyen kötelezettségei vannak a visszaigénylőnek és az adóhatóságnak.
Ezek szerint a kérelem kézhezvételétől számított négy hónapon belül kell a hatóságnak eldöntenie, jogos-e a visszatérítési kérelem. Ha valamilyen adatot vitat a hatóság, lehetősége van újabb információk kérésére, egyebek mellett az ügyletek teljesítésére vonatkozó dokumentum eredeti példányát is bekérheti. Ha az adóhatóság végül úgy dönt, hogy a visszaigénylés egészében vagy részben jogos, akkor az erről szóló döntést esettől függően legkésőbb hét vagy nyolc hónappal a kérelem beérkezését követően meg kell hoznia.
Jelenleg ezek az elvek általánosságban szerepelnek a törvényben, a részletes eljárási szabályok hiányoznak. Pillanatnyilag az adóhatóságnak fél éven belül kell visszatérítenie az áfát, ám ezt a határidőt gyakran nem tudta tartani és ennek szankciója sem volt.
