A bolognai rendszer jelentősen megnehezítette a szakkollégiumok működését, ám amíg a hazai felsőoktatás nem mozdul el a tömegoktatás irányából, addig nem aggódnak saját létjogosultságuk miatt ezek az önszerveződő intézmények. Az alap- és mesterképzésre átállás miatt lerövidült a szakkollégiumokban eltöltött idő, korábban gyakran 3-4 évet töltöttek el a hallgatók ilyen intézményekben, ez ma esetenként 1-2 évre rövidül − mondta lapunknak Kemény Vagyim, a Társadalomelméleti Szakkollégium igazgatója. A bolognai rendszerrel párhuzamosan terjedt el az Erasmus-ösztöndíj, amellyel a hallgatók további fél- vagy egész éveket esnek ki a szakkollégiumból. Kemény szerint míg a 90-es évek elején még a hallgatók egytizede vett részt külföldi ösztöndíjban, addig ma már ugyanekkora arányuk marad ki ebből. Ráadásul épp a legtehetségesebb hallgatók azok, akik az itthon megszerzett BA után külföldi egyetemen szereznének MA diplomát − ezzel gyakran teljesen megszakad a korábbi szakkollégiummal való kapcsolat. A Rajk László Szakkollégium DB-titkára, Kovács Dávid szerint az is nagy problémát jelent, hogy a bolognai rendszerben a korábbinál jóval specializáltabb szakok indulnak, amivel gyengébb lett az egyetemek által nyújtott alapozó képzés − a Corvinuson például egy év helyett féléves tárgy lett a mikroökonómia −, az így kimaradó tudást ezért a szakkollégiumoknak kell pótolniuk, hogy tagjaik követni tudják a későbbi kurzusokat.
A hazai felsőoktatás szinte minden problémájára választ adnak a szakkollégiumok, egységes modellként mégsem terjedhetnek el − véli Mike Károly, a Széchenyi István Szakkollégium igazgatója. Mike szerint az önszerveződés miatt alacsony költséggel működő szakkollégiumok minőségi képzéssel és átfogóbb alaptudással egészítik ki az egyetemi szakokat. A finanszírozás azonban nem teljesen megoldott: a Soros Györgyhöz kötődő alapítványok 2000-es évek kezdetére tehető kivonulása óta a szakkollégiumok elsősorban állami forrásokból, pályázatokból működnek. A költségvetésben a szakkollégiumokra szánt 80 millió forintot azonban zárolták, és bizonytalanság van akörül is, hogy áttérnek-e a normatív alapú finanszírozásra − a lapunk által megkérdezett szakkollégiumi vezetők szerint utóbbi túlzottan betagozná az autonóm szakkollégiumokat a felsőoktatási rendszerbe.
