A gyenge intézményi háttér az oka annak, hogy az EU tagjelöltjei nem képesek jól sáfárkodni az EU-támogatásokkal. Az EU számvevőszéke a PHARE és az ISPA alapok 1995 és 2000 közötti (2001-es végrehajtással) környezetvédelmi felhasználását vizsgálta. A tegnap az Európai Parlamentben (EP) közzétett jelentésében arra jutott, hogy már a projektek kiválasztását is akadályozza az intézményépítés elmaradása. Nincs megfelelő stratégia a környezetvédelmi beruházásokra és azok finanszírozására, a kormányok képtelenek prioritásokat kijelölni. A tagjelöltek jeleskednek ugyan az EU-s joganyag átvételében, ám azok végrehajtásában óriásiak a lemaradások. A számvevőszék a nagyobb hatékonyság érdekében szigorítana az ISPA alap feltételein. Ugyanis az alap a projektek költségeinek 75 százalékáig nyújthat támogatást, ami a számvevőszék szerint túl nagyvonalú. Ezt a kritikát az EU brüsszeli bizottsága visszautasítja, mert ha elfogadná, akkor a beruházások költségeit még jobban áthárítanák a lakosságra, amelynek korlátozott a teherbíró képessége.
Vita van a számvevőszék és a bizottság között más területen is, például a győri szennyvíztisztító beruházásának megítélésében. A számvevőszék szerint ez túlságosan nagy kapacitású, figyelembe véve a jelenlegi és a jövőbeni szükségleteket, Brüsszel viszont azt állítja, hogy a kezdeti saját kétségeit nem támasztotta alá a kiegészítő szakértői jelentés, ezért hagyta jóvá a projektet.
