A 2006-os költségvetés szerint az egészségbiztosítási alap 1535 milliárd forintot költhet és 1504 forint bevételre számíthat, így a hiány 31,8 milliárd forint lesz. Idén a tervezett deficit 341 milliárd forint volt, így a jövő évi tervek akár reálisak is lehetnének, hiszen az alap 303 milliárd forintos pluszt kap a központi költségvetésből a járulékokat nem fizetők, de ellátásra jogosultak után. Az alap legtöbb fejezete ugyanakkor kevesebb pénzből gazdálkodhat. A fekvő- és járóbeteg-ellátásra – ide értve a CT- és MRI-vizsgálatokat is – 20 milliárddal jut kevesebb, mint az idén, pedig a krónikus betegek ellátása immár önálló tételként szerepel a költségvetésben. Szintén karcsúbb lesz az alapellátás, a védőnői szolgáltatások vagy a gondozóintézeti ellátás kerete.
Jelentősen csökkent a fejlesztési célelőirányzat összege: míg idén meghaladta 7 milliárd forintot, jövőre 2 milliárd alatt marad. A szakminiszter szerint azonban 50 milliárd forint jut jövőre fejlesztési programokra, ami 13 intézményt érint. Uniós forrásból további 13 milliárdot vár az egészségügyi tárca és a remények szerint az ingatlanhasznosításokból is lesz bevétel. Az Országos Orvosi Rehabilitációs Intézet rekonstrukciójára 485 millió forintot, a Sportkórház felújítására pedig 97 milliót szánnak jövőre a fejlesztési fejezet keretében.
A kórházak egyelőre nem számíthatnak több pénzre, ugyanis a finanszírozás alapját jelentő HBCS-pontok értékét szeptemberben emelték 134 ezer forintra, amin most nem változtat a kormányzat. Pedig az év elején még 136 ezer forintot ígért a szaktárca és a kórházak szerint 140 ezer forint is kevés lenne. A Gazdaságkutató Intézet Egészségügyi Kutatóintézete szerint így csődközeli állapotba kerülhetnek jövőre a kis kórházak. (Jelenleg mintegy 30 kórház küzd krónikus pénzhiánnyal.) Egyes vélemények szerint a helyzet pozitív hozadéka lehet, hogy az rákényszerítheti a tulajdonosokat a struktúraátalakításra, ami mérsékelné a felesleges ágyak számát, valamint a párhuzamosságokat az ellátásban. Ennek érdekében a kapacitások újraosztásakor 10 százalékról a regionális egészségügyi tanácsok döntenek jövőre, hiszen ezek látják leginkább a fejlesztési és leépítési szükségleteket.
