A Bankszövetség több problémát is talált a vámszámla kialakításával kapcsolatban, a Vám- és Pénzügyőrség Országos Parancsnoksága (VPOP) felkérésére ugyanis részt vett a számla kialakításán dolgozó munkacsoportban. Az egyik probléma, hogy a jogszabály kizárólagos rendelkezést biztosítana a vámhatóságnak a számla felett, ám a törvény azt pénzforgalmi számlaként nevesítette. Így a bankok a számlát a cégbíróság és az APEH felé is kötelesek bejelenteni és az adóhivatal vagy a vámszámlát nyitó cégek hitelezői is kezdeményezhetnek azonnali beszedést a számla ellen. Ezért éppen a VPOP vámszámla feletti kizárólagossága sérülne, jóllehet létrehozásával éppen az a cél, hogy arról csak a pénzügyőrség emelhessen le pénzt.
Az sem tisztázott, miként biztosítható pénzforgalmilag, hogy a befizető ne férjen hozzá a számlára tett pénzhez, például a túlfizetéshez, amit a vámszerv nem hív le. Mivel mindenki csak egy vámszámlával rendelkezhet, megoldásra vár annak bankközi összehangolása, hogy egy ügyfél ne nyithasson több banknál számlát, de ugyanígy feladat az is, hogy az ügyfél igénye szerint miként lehet a számlát az egyik bankból a másikba áttenni. A Bankszövetség az MNB-vel folytatott egyeztetést a problémák áthidalására, illetve az éppen módosuló pénzforgalmi jogszabályokba való beillesztéséről a bankokkal közösen javaslatot dolgozott ki, de azt a VPOP a vámtörvényre való hivatkozással nem fogadta el.
