A 2000-es évi, egymilliárd forintot meghaladó veszteséghez képest javult ugyan a Phylaxia eredménye, ám a helyzet továbbra sem nevezhető igazán jónak. Bár már látszanak a megkezdett átszervezés hatásai, s a külföldi piacokon való megjelenés is jól halad, ám a társaság üzemi szinten még mindig 80 millió forintos veszteséget termelt. A pénzügyi műveletek negatív eredménye és egy 75 millió forintos rendkívüli ráfordítás következtében a társaság mérleg szerinti eredménye 197 millió forint veszteséget mutatott.
