A kohéziós alap ötlete egyidős az EU közös pénzére, az euróra történő áttérés feltételeinek meghatározásával. A Gazdasági és Monetáris Unióhoz (EMU) való csatlakozást ugyanis olyan stabil államháztartáshoz kötötték, amelynek csak a fejlettebb uniós tagok felelhettek meg. 1991-ben Maastrichtban – annak érdekében, hogy a gyengébb gazdaságú országoknak ne fejlődésük kárára kelljen például a közkiadások túlzott visszafogására vagy az árstabilitásra törekedni – létrehozták az úgynevezett kohéziós alapot. Azok a tagállamok részesülhettek a támogatásból, amelyek GNP-je nem érte el az EU átlagának 90 százalékát: Írország, Spanyolország, Portugália és Görögország. Egyebek közt a kohéziós alapnak köszönhetően Írország mára az unió egyik leggazdagabb tagjává vált, és mind a négy országban bevezethették az eurót. Az alaphoz való hozzájutás egyik feltétele volt, hogy a kedvezményezettek költségvetése ne szaladjon el, a büdzsé deficitje a maastrichti norma, a GDP 3 százaléka alatt maradjon. Amennyiben tartósan meghaladja ezt, és az EU pénzügyminiszterei megállapítják a „túlzott államháztartási hiányt”, a kohéziós alaphoz való hozzáférést felfüggesztik. Ezt az 1997-ben Amszterdamban elfogadott stabilizációs és növekedési megállapodás szellemében 1999-ben rögzítették, és ez az alapja annak a fenyegetésnek, amely ma Damoklész kardjaként lebeg Magyarország fölött (is), mivel az Európai Bizottság javaslata alapján a pénzügyminiszterek megindították az ország ellen a túlzott mértékű deficit miatti eljárást.
Tabajdi Csaba, az Európai Parlament szocialista képviselője a múlt heti plenáris ülésen bírálta ugyan a kohéziós alap felfüggesztésének fölmerülését, mondván: „jogszabály szerint ezeket a forrásokat csak az eurózóna tagjaitól lehetne megvonni”, ám valójában az 1999-es tanácsi rendelet általában tagállamokról beszél és nem különbözteti meg az EMU-n kívüli vagy belüli országokat. És mivel a kohéziós alap és a stabilitási és növekedési megállapodás születésekor egyetlen ország sem volt tagja az euróövezetnek, a „törvénykezési szándék” egyértelmű. Azaz ne az uniós forrással támogatott befektetések okozzanak deficitet, másfelől a pénzek elveszítésének veszélye legyen fegyelmező hatású. A 2007–2013-as költségvetési irányelvek (jövő hétre remélt) elfogadásával párhuzamosan módosítanak a kohéziós alap hozzáférésének szabályozásán is. Az Európai Bizottság javaslata szerint 2007. január 1-jétől a túlzott deficit megállapítását követő év januárjától lehetne elrendelni az alap folyósításának leállítását; ennek azonban nem lenne visszamenőleges hatálya, tehát csak a jövőbeni projekteket érintené. Ez a javaslat egyformán érvényes a stabilitási paktumot folyamatosan megsértő euróövezet-tagokra és azokra az országokra, amelyek – Magyarországhoz hasonlóan – az euró bevezetésének nemzeti konvergenciaprogramját negligálják.
