A legfontosabb rendelkezések az irányítást és a döntéshozatalt érintik. A hatálybalépéskor megszűnik az EU félévente rotáló elnöksége, helyébe két és fél évre egy állandó elnök lép, akit az EU-vezetők választanak minősített többséggel, és akinek mandátuma egyszer meghosszabbítható. Az ő tiszte lesz negyedévente összehívni a tagállamok vezetőit - az Európai Tanácsot -, akik kijelölik az EU politikai irányvonalát és elveit, de nem látnak el törvényhozói feladatot. A tervezet leszögezi, hogy az elnök megbízatásával párhuzamosan nem tölthet be hazájában politikai posztot. Az elnök szorosan együttműködik az Európai Bizottsággal, amelyben 2009-ig minden tagállam egy-egy fővel képviselteti magát, akkortól azonban a bizottság teljes jogú tagjainak számát tizenötre csökkentik, de szavazati jog nélkül a többi tagország képviselője is jelen lesz a szervezet ülésein. A testület szavazó tagjai az egyenlőség alapján rotálnak, de az összetételnek tükröznie kell a tagállamok földrajzi és demográfiai helyzetét. Elnökét az Európai Tanács jelöli ki, konzultálva az Európai Parlamenttel (EP), és figyelembe véve a parlament összetételét. A jelöltet az EP egyszerű többséggel szavazza meg. A bizottság a parlamentnek lesz felelős, amely vissza is hívhatja. A bizottság alelnöke lesz az EU külügyminisztere, akinek hatásköréről még folynak viták.
Az Európai Parlament társdöntési jogköre jelentősen bővül, miközben korlátozódik a tagállamok vétójoga. Ezzel párhuzamosan tágul a közösségi politika, például a bel- és igazságüggyel, amelyben közös lesz a menekült- és bevándorláspolitika. Az EU jogi személlyé alakul, ez megkönnyíti a nemzetközi szervezetekben való részvételét. Az alkotmánynak része az alapvető jogok chartája, amely először az EU történetében rögzíti, hogy a nemzeti kisebbségek nem válhatnak diszkrimináció áldozatává.
