Bácskai Tamás 1956. november 29. és 1961. augusztus 16. között bizonyíthatóan együttműködött a Kádár-éra titkosszolgálatával. Ez idő alatt nemcsak kollégáiról, hanem családtagjairól és azok barátairól is rendszeresen jelentett - írta szombati számában a Magyar Nemzet. A cikk szerint a közgazdász professzor Szabó István, majd Nagy Lajos fedőnéven dolgozott. A lap szerint Bácskai a többi közt javasolta, hogy Markos György dékánt váltsák le, Ádám György professzort pedig távolítsák el a Műegyetemről. A hír igaz, de sok minden a szövegkörnyezetéből kiragadva nem ugyanaz - nyilatkozta a neves kutató, hozzátéve, mulatságos dolognak tartja, hogy számos, vele kapcsolatos tény mellett a Magyar Nemzet azt nem említette meg, hogy korábban a lap szerkesztőbizottságának tagja volt, mint mondta, nem is rövid ideig. A történteket Bácskai Tamás azzal indokolta: az 1956. október 23-i tüntetésen és annak előkészületei során teljesen véletlenül, nagyon radikálisan jobboldali műegyetemi környezetbe került. Ott olyan erőteljes antiszemita jelszavak voltak, hogy úgy érezte, ez vissza fog menni valami olyan '44-es folyamatba, s arra a következtetésre jutott, hogy meg kell őrizni azt, ami van, mert életveszélyes helyzet alakul ki zsidók számára. Hozzátette: kiszolgáltatott helyzetben volt, mivel húga a forradalom után - férjével, a Nagy Imre köréhez tartozó Tánczos Gáborral - a romániai Snagovba került fogságba, a házaspár lánya pedig családjuknál maradt. Bácskai közölte: beszervezői érzékeltették vele családja miatti szorult helyzetét.(MN jan., 29., 1., 5. old., Nszab, jan., 31., 7. old., NSZ jan., 31., 4. old., MH jan., 31., 6. old.)
