A Budapest Airport Rt. egy ideje számos jogi eljárás közvetlen vagy közvetett érintettje. Még mindig nem zárult le például az a per, amelyben a Ferihegyi Utasterminál Fejlesztő (FUF) Kft.-ben résztulajdonos kanadai Airport Development Corporation (ADC) beperelte a magyar államot, miután az megfosztotta korábbi jogosítványaitól, illetve bevételi forrásaitól a kft.-t. A korábbi megállapodás szerint az ADC felépítette az utasterminált, a tulajdonjogot és a kezelési jogot átadta a magyar államnak és a szintén tulajdonos LRI-nek, a kereskedelmi jogokat viszont megtartotta. A tervek szerint a FUF a 2A és a 2B terminálok 12 évi használatából fedezte volna az építés hiteleit. A peres viszony akkor alakult ki, amikor 2002 januárjával megszűnt a FUF, a reptér üzemeltetése pedig a BA Rt.-hez került.
Legutóbb épp a privatizáció kapcsán került jogi procedúrába a BA illetve az ÁPV, a cég üzemi tanácsa ugyanis megtámadta a pályázatot, mondván, hogy nem egyeztettek velük a tenderkiírásról. Emiatt kellett aztán a jelenlegi privatizációs eljárást lebonyolítani. Egyesek szerint növeli a BA Rt. eladása körüli jogi bizonytalanságot, hogy a Legfőbb Ügyészség még mindig nem ért végére a reptéri vagyonkezelésre vonatkozó feljelentésnek, amelyet egy magánszemély még augusztusban nyújtott be ügyészségi vizsgálatra. Néhány napja pedig a Légiforgalmi Dolgozók Független Szakszervezete nyújtott be keresetet a Fővárosi Bíróságra, azt kérve, hogy a bíróság szólítsa fel az ÁPV-t a privatizáció leállítására.
