Jóllehet a májusi módosítás révén a vitás kérdések jelentős részét sikerült kezelni, ma is maradtak bizonytalan ügyek. Ez pedig jelentős kockázatot rejt magában, hiszen az adóhatóság ötvenszázalékos bírsággal is sújthatja azt, aki hibázik vagy rosszul értelmezte a jogszabályt. Hibázni mindkét fél tud, attól függ, hogyan értelmezik másképp a passzust.
Ma is számos olyan adóhatósági ügy folyik, amelynél az APEH-megállapítás alapja, hogy a fordított adózás körét a cégek rosszul vagy inkább az APEH álláspontjához képest másképp állapították meg. Problémát jelent például, hogy a korrigált törvény szerint az "építési hatósági engedélyköteles" munkálatok esnek fordított adózás alá. Mivel ilyen engedély nincs, egy APEH-állásfoglalásból derül ki, mit ért ezen a hatóság: az építésügyi hatósági engedélyköteles munkálatok mellett minden más olyan munkálatot is, amely szakhatósági engedélyt igényel. Az pedig gyakran kérdéses, milyen munkához milyen szakhatósági engedély szükséges.
Szintén nem ritka, hogy egy komplex munkálatot nem egy fővállalkozó és alvállalkozói végeznek el, hanem különböző tevékenységeket, fázisokat más-más vállalkozó teljesít. A főbb munkálatok ilyenkor engedélyköteles építési tevékenységhez kapcsolódnak, de minden projektnél lehetnek határterületek - az utómunkák, kiegészítő munkák vagy épp az előkészítés vajon hová tartozik?
Vitás kérdés, ha például egy üzletház bérlője megbízásából végzett önálló munkálatot csak azért kíván az APEH bevonni a fordított adózás körébe, mert azt a bérlő olyan épületkomplexumban végezteti, amelynek még nem bocsátották ki a használatbavételi engedélyét. Az APEH szerint ugyanis amíg nincs használatbavételi engedély, addig még zajlik az épület egyébként engedélyköteles felépítése, és ezért minden építési jellegű munkálat az ingatlanban szintén a fordított adózás szabályait kellene hogy kövesse.
