Az Európai Bizottság (EB) – főként az utóbbi évtizedben – egyre inkább a felzárkóztatási támogatások decentralizációjára törekszik, vagyis arra, hogy a brüsszeli apparátus helyett minél több kompetencia kerüljön át tagállami hatáskörbe az úgynevezett szubszidiaritás jegyében (a döntések a lehető legalacsonyabb, még értelmes szinten történjenek, tehát minél közelebb az érintettekhez). Ennek megfelelően a munkamegosztás a következőképpen alakul: miután a tagállamok megállapodtak az EB-vel és az Európai Parlamenttel a felzárkóztatási alapok mértékéről (a hétesztendős költségvetési perspektíva keretében), továbbá a források felhasználásának elvi feltételeiről, a tagországok elkészítik nemzeti fejlesztési terveiket (NFT). Ez szoros együttműködésben történik az EB-vel, amely ezt követően hivatalosan is jóváhagyja és kijelöli (allokálja) a rendelkezésre álló anyagi forrásokat.
Itt kezdődik a megosztott felelősség: a program ismét visszakerül a tagállamokhoz, de most már elsősorban a régiók irányítása alá. Megkezdődik a projektek beindítása, a pályázatok kiírása, ellenőrzése és értékelése. Az EB ugyan továbbra is figyelemmel kíséri a program sorsát, a projekteket azonban csak szúrópróbaszerűen ellenőrzi, viszont hangsúlyt helyez arra, hogy a tagállami hatáskörben lévő nemzeti ellenőrzési rendszer megfelelően működjön. A kifizetések utólagosak, illetve a projektek kivitelezése arányában utólagos elszámolás alapján történnek. Az alapelv tehát, hogy a tagállamok felelősek a projektek ellenőrzéséért, és ha rendellenességre bukkannak, azok korrekciójáért. Az állami rendszer két pilléren nyugszik: a program menedzselésén és a kifizető hatóságén, ezek működésüket független auditálókkal is megerősíthetik.
