A MÁV Zrt.-nél és MÁV-Start Zrt.-nél azoknak a költségeknek, amelyeket az árvíz ró e társaságokra még csak a június 7-ig keletkezett részét látják, bár már ez is néhány tízmillió forintra tehető. A kiadások részben a felhasznált zúzott kő miatt keletkeztek, emellett voltak olyan területek, ahol megerősített szolgálatot teljesítettek a vasutasok. Az áradás leginkább a Budapest−Győr−Hegyeshalom és a Komárom−Neszmély−Süttő−Esztergom vonalat érintette; nehezítette a helyzetet, hogy a Komárom−Almásfüzítő vonalon a vasúti töltés gátként is szolgál, amely végül megfogta a vizet. (A védekezésben is jelentős számban vettek részt a MÁV dolgozói.)
Szintén pluszkiadást jelent a MÁV-Startnak, hogy több vonalon mentesítő buszjáratokat kell üzemeltetni. A Budapest−Bécs között járó Railjet-szerelvények most Budapesttől Tatabányáig járnak, onnan autóbuszok viszik az utasokat Győrig, ahonnan a Railjet megy tovább. Szintén vonatpótló buszokkal szállítják az utasokat Almásfüzitő és Komárom között. Tovább növeli a vasúttársaság költségét, hogy megerősített, jellemzően dupla Flirt-szerelvényeket közlekedtet mind az elővárosi, mind a távolsági vonalakon. A meghiúsult utazások is veszteségeket okoznak: a Csehországba, illetve azon vagy Ausztrián keresztüli utazásra szóló jegyek árát kezelési költség nélkül visszatérítik.
A költségek összesítésére még várni kell, hiszen sok kár csak az árvíz teljes levonulása után állapítható meg, például az, hogy az alépítmények mennyire áztak át.
