Ha civil szervezetek hatáskörébe helyeznék a magyar termék megjelölésének kezelését, az unió egy szót sem szólhatna, hogy a megjelölés nemcsak a termék származási helyére, hanem esetleg a minőségére is utal. A rendeletalkotást ezzel szemben (ezen a területen) tiltja az unió, Brüsszelnek emiatt nem tetszik a magyartermék-rendelet − ráadásul létezik olyan közösségi szabály is, amely elismeri a származási helyre vonatkozó megjelölést. A Népszabadság információi szerint a szeptemberben életbe lépő, három megjelölést engedélyező szabály miatt újabb kötelezettségszegési eljárás indulhat Magyarország ellen. Brüsszel több pontban is kifogásolta azt, a magyar kormány azonban az ajánlásokból nem vett át semmit.
A kereskedelem szerint támogatandó a magyar termék megjelölés, erős a marketingértéke, és ha megfelelően kezelik, valóban védheti a magyar élelmiszeripart. Nincs azonban olyan civil szervezet vagy akár szakhatóság, amely képes lenne ellenőrizni a szabályrendszer betartását. Az élelmiszerimport 40 százalék körül mozog Magyarországon (Napi Gazdaság, 2012. július 26.), vannak olyan magyarnak hitt márkák, amelyben az import részaránya 50 százalék feletti, sőt olyan magyar márka is akad, amelyet nem is itthon gyártanak. Az uniós jog szerint azonban az ilyen termékek is megkaphatják az eredetjelölést, ha itthon csomagolták őket.
A magyar kormány ezen akart változtatni, a megjelölést azonban nem tette kötelezővé, ahogy a magyar termék logóját sem határozta meg a rendelet, így akár komoly káosz is kialakulhat. A hírek szerint az agrártárca együttműködési megállapodást kötne a Magyar Termék Nonprofit Kft.-vel, amely a logóhasználatot is kezelné.
