Szép summa gyűlt össze a radioaktív hulladék végleges elhelyezésének, a kiégett üzemanyag átmeneti tárolásának és végleges elhelyezésének, valamint a nukleáris létesítmények leszerelésének finanszírozására 1998-ban létrehozott Központi Nukleáris Pénzügyi Alapban (KNPA). Az utolsó hivatalos adatok szerint mintegy 170 milliárd forint összegről van szó, ami tovább nőhet. Az alap 2011-es költségvetésének szöveges indoklása szerint az alap pénzkészlete idén közel 15 milliárd forinttal nőhetett, és \"a jövőbeni kiadások fedezése érdekében az alap pénzkészlete a következő években is növekszik\", legalábbis az Országos Atomenergia Hivatal (OAH) szerint. Az alap tervezett összes bevételi előirányzata egyébként 2011-re 31 329,9 millió forint, amiből a Paksi Atomerőmű Zrt. befizetési kötelezettsége 23 127,5 millió forint. Az OAH közlése szerint azonban több ok, például az atomerőmű üzemidő-hosszabbításának lehetősége jelentős hatást gyakorol a Központi Nukleáris Pénzügyi Alapba történő befizetések mértékére.
A központi költségvetés idei hozzájárulása több mint 8 milliárd forint lehetett. Egy novemberben benyújtott módosító azonban jelentős változást hozott volna e téren, s bár Orbán Viktor miniszterelnök is támogatta, hogy a költségvetés szabaduljon meg az alapbefizetési terhektől, a parlament végül elsöprő többséggel leszavazta az LMP költségvetési módosító indítványát, ami egyébként további nagyjából 11 milliárd forint befizetési kötelezettséget rótt volna a paksi erőműre. A párt kalkulációja szerint az alap éves kiadásainak felét az atomerőmű befizetései fedezik, a fennmaradó részt pedig a központi költségvetés támogatásából biztosítják.
A paksi befizetés növelése egyben a nukleáris forrásból termelt villamos energia költségszintjét emelte volna valamennyivel, ami egyébként nem lett volna ellentétes a javaslat szándékával. A cél az lett volna, hogy kiderüljön: az atomenergia nem annyira olcsó, mint azt a közhiedelem tartja.
