Az egyetemek helyzetét a megújuló államban a Sárközy Tamás által kidolgozott második státustörvény rendezné. Hangsúlyozni kell azonban, hogy a költségvetési szervekről szóló törvényjavaslat csak az egyetemek szervezeti jellegű státusszabályozását tartalmazza, a költségvetési gazdálkodás továbbra is az államháztartásról szóló törvényben marad. Mindemellett egyes gazdálkodással kapcsolatos szabályokat – amelyek szervezeti jellegűek is – garanciális okokból a Sárközy-féle státustörvény javaslata is tartalmaz. A tervezet szerint az egyetem speciális költségvetési szerv, amely az állam közfeladatait látja el. Ezen belül olyan közintézmény, amely nagyfokú autonómiával rendelkezik: csak törvény hozhatja létre, testületi szerv vezeti és gazdálkodási önállóságának mértékét is törvényben kell megállapítani. A közfeladat ellátásához szükséges költségvetési normatívát az egyetem számára a költségvetési előirányzat határozza meg, főszabályként az új vagyontörvényben szabályozott vagyonkezelési szerződések alapján (NAPI Gazdaság, 2006. február 6., 2. oldal).
Jelenleg az egyetemek minisztériumi vagy kormányengedéllyel hozhatnak létre gazdasági társaságot. Az új felsőoktatási törvény szerint azonban március 1-jétől ez megszűnik és csak kiegészítő jelleggel vállalkozhat az egyetem. Ez utóbbi megegyezik a Sárközy-javaslattal, amely egyértelműen kimondja: az egyetem alaptevékenysége körében nem vállalkozhat. Kiegészítő és átmeneti jelleggel jogosult vállalkozási tevékenység folytatására, de csak az alaptevékenysége teljes mértékű kifejtése mellett és nem annak rovására; az ebből származó bevételnek a 25 százalékára lenne jogosult (a többi az államkincstáré), és azt is csak meghatározott célra fordíthatja (szervezetfejlesztés, a foglalkoztatottak szakmai, kulturális, szociális támogatása). Jelenleg a vállalkozásból befolyó bevétel teljes egészében az egyetemnél maradhat, de öt százalékát kötelezően épületfelújításra kell fordítani. A felsőoktatási törvény módosítása szerint a gazdasági társaságnak három éven belül nullszaldóssá kell válnia. Mivel az egyetem a közszolgáltatásait nem üzleti alapon nyújtja, csak az alapító szerv jóváhagyásával állapíthat meg ellenértéket a szolgáltatásaiért cserébe – mondja az új tervezet. A működés hatékonyságát segíti viszont, hogy a javaslat a nem piaci alapon működő egyetemeket mentesítené a közbeszerzési előírások alól, és nyilván a versenyjogi előírásokat is másként kellene értelmezni, mint a jövedelemszerző gazdasági vállalkozásoknál.
Az egyetemek nem hozhatnának létre alapítványt, ahhoz nem is csatlakozhatnának, de alapítványt az államháztartási törvény szerint támogathatnának. (Az egyetem mint költségvetési szerv eddig sem hozhatott létre alapítványt, ám az egyetemek intézményei igen.) A javaslat azt is kimondja: költségvetési szervek háttérintézményeket sem hozhatnak létre, mivel ez gyakran a közpénzek elfolyatásának egyik fő csatornája volt.
