Az APEH nyomozó hatósága a mai napon 240 fővel megkezdi működését.
A nyomozó hatóságról szóló - Az APEH egyes feladatairól címet viselő - törvényt 1998. december 28-án fogadta el az Országgyűlés. A jogszabály december 29-én lépett hatályba, amikor a köztársasági elnök aláírta a kihirdetésről szóló okmányt. A törvény szerint rendelkezéseit a hatályba lépéstől számított 30. napot követően indult büntető eljárásokban kell alkalmazni.
Az adóhivatal nyomozó hatóságát az APEH Bűnügyi Igazgatósága és a területi nyomozó hivatalok alkotják. A Bűnügyi Igazgatóságot Pelikán László vezeti, akit 1999. január 7-én nevezett ki Simicska Lajos APEH-elnök január 1-jei hatállyal. A Bűnügyi Igazgatóság jár el a hónap végétől azokban az ügyekben, amelyeket eddig az APEH - az ellenőrzéseket követően - átadott a rendőrség vagy a pénzügyőrség nyomozóinak.
