1992-ben – a PHARE-programok közül elsőként – indult el a területfejlesztési program, melyben Szabolcs-Szatmár-Bereg megye (mint az ország egyik legelmaradottabb megyéje) már részt vett. E programnak köszönhetően alakultak ki a megye decentralizált területfejlesztési intézményrendszerének alapjai: a megyei fejlesztési tanács és a megyei fejlesztési ügynökség. Ezzel az észak-alföldi régió, mint hátrányos helyzetű régió, az első perctől kezdve részesült PHARE-támogatásban, 1992-ben 10 millió ECU-t használhatott fel területfejlesztésre. A nemzeti regionális PHARE-program következő mérföldköve a régióban az 1997-es (HU9705) kísérleti program volt, amely 3 fő célkitűzést támogatott Északkelet-Magyarországon (melynek akkor része volt a mai észak-alföldi régió). Ipari szerkezetátalakításra, humánerőforrás-fejlesztésre és vidékfejlesztésre lehetett pályázni. A támogatásból a régió mintegy 22 millió eurót nyert el, melynek legnagyobb részét vidékfejlesztésre fordította. 2000-ben a PHARE-program kifejezetten az ország keleti régióinak szólt. Nagyprojektként (2 millió eurós és afeletti projektként) ekkor valósult meg „Út a Kelet—Nyugat kapujához” címmel a záhonyi határátkelőhöz vezető út kapacitásbővítése (burkolatfelújítással, leállósáv építésével, közlekedési csomópontok kialakításával) 2 millió euró támogatásból. A 2001-es programban 3 nagyprojekttel szerepelt a régió. Az egyik ilyen nagyprojekt az ibrány–nagyhalászi csatorna- és szennyvíztisztító-építés II. üteme volt, melynek során közel 43 kilométer csatornahálózatot építettek ki, s a két település háztartásainak 90 százalékát kötötték be a szennyvízhálózatba. Az unió 2 milliós euró PHARE-támogatást biztosított. A program keretében került sor a debreceni iparterület nemzeti úthálózatba történő becsatlakoztatására, ugyancsak 2 millió eurós PHARE-segítséggel. A projekt célja a Monostorpályi út korszerűsítése volt, amely összeköti Debrecent a várostól délkeletre levő iparterülettel. Harmadik nagyprojektként a szolnoki ipari park infrastrukturális fejlesztése valósult meg, 2 millió euró PHARE-támogatással. Ennek eredményeként 25 hektáron építettek ki csatorna- és ivóvízrendszert, telekommunikációs rendszert, elektromos és úthálózatot. 2002–2003-ban az utolsó területfejlesztési PHARE-program, az „Integrált helyi fejlesztési akciók ösztönzése” program Magyarország mind a hét régiójában elérhető volt és minden idők legnagyobb PHARE-támogatását biztosította. A programban barnamezős beruházással, a régión belüli elérhetőséget javító közútfejlesztéssel, helyi kezdeményezésen alapuló foglalkozásösztönzéssel, illetve ezek komplex projektjével lehetett pályázni. Az elérhető PHARE-támogatás 21,3 százalékát, körülbelül 20,6 millió eurót az észak-alföldi régió nyerte el, és 6 komplex projektet valósított meg a segítségével. Ekkor épült a nyíregyházi Esély Centrum, és felújították a hajdúszoboszlói gyógyfürdőt is.
A nemzeti regionális PHARE-programok mellett jelentős CBC-programok is megvalósultak a régióban, Ukrajna és Románia határ menti térségeivel partnerségben. A cél elsősorban a határ menti térségek együttműködésének fejlesztése, az infrastruktúra és a versenyképesség javítása volt, ami elsősorban kisprojekteket jelentett. 1996-ban az első magyar–román CBC-program 5-5 millió ECU-t biztosított a határ mindkét oldala számára, ekkor korszerűsítették a csengersimai határátkelőt. A 2002-es magyar–román együttműködés során felújították a Nyírbátor–Vállaj közötti, 23 kilométer hosszú útszakaszt, amely a 2004-ben megnyílt Vállaj–Csanálos határátkelőhelyhez vezet. A projekt összértéke 3,6 millió euró volt. 2003-ban, a külső határok menti kezdeményezések keretében felújították a 4-es számú főút záhonyi határátkelőhely felé vezető szakaszát Fényeslitke és Tiszabezdéd települések között, összesen 13,2 kilométeren. A PHARE-támogatás 2 millió eurót fedezett a projekt költségéből. Mára lezárultak a PHARE-programok, hiszen Magyarország is tagja lett az Európai Uniónak, a célkitűzéseket azonban továbbra is megtalálhatjuk az uniós támogatásokban. A nemzeti regionális PHARE-programot a Regionális Operatív Program, a PHARE CBC-t az Interreg közösségi kezdeményezés folytatja.
