Az EU tagállamainak egy része elkeseredett harcot folytatott annak érdekében, hogy a közös költségvetésből ne finanszírozzanak őssejtkutató programokat. A tagállamok többsége felsorakozott az elsősorban Nagy-Britannia, Hollandia és a skandináv országok által szorgalmazott közösségi programok mögé, a „blokkoló kisebbség” kialakulása azonban megakadályozhatta volna, hogy az embriókból nyert őssejtekre irányuló kutatások is bekerüljenek az EU 2007–2013 közötti úgynevezett hetedik kutatási keretprogramjába, amely közel 54 milliárd eurót tesz ki, bár őssejtkutatásra ennek csak töredéke áll rendelkezésre.
Az ellenzők (Németország, Olaszország, Ausztria, Lengyelország, Szlovákia, Litvánia, Málta és Luxemburg) etikai érveket hangoztattak, de végül Németország és Olaszország elfogadta azt a javaslatot, hogy az Európai Bizottság nyilatkozatban vállalja: nem finanszíroznak olyan projektet, amely élő embrió elpusztításához vezet. A zöld út elvileg lehetővé teszi, hogy hosszú távon sikeresen gyógyítsanak krónikus betegségeket, mint például az Alzheimer- vagy a Parkinson-kór. A kérdés úgy szólt, hogy lehet-e közösségi forrásból finanszírozni olyan kutatási eljárásokat, amelyeket egyes tagállamok törvénykezése tilt. Az ellenzők táborát vezető Németország álláspontja szerint megengedhetetlen, hogy az EU kasszája hozzájáruljon embriók megölését föltételező kutatásokhoz.
A társdöntési jogkörrel bíró Európai Parlament júniusi plenáris ülésén hatalmas viták után szintén kompromisszum született: bizonyos korlátozásokkal engedélyezte az őssejtkutatást, de egyértelműen tiltotta a klónozást. Az Európai Bizottság kutatásért felelős tagja, Janez Potocnik szerint a betegek érdekében nem mondhat le az EU a tudományos előrehaladásról, de az erkölcsi követelményeket is figyelembe kell venni, vagyis meg kell találni a két álláspont összebékítésének a lehetőségét. A szlovén biztos ellenezte a túlságosan szigorú uniós szabályozást, mert az végső soron arra kényszerítené a kutatókat, hogy az EU-n kívülről importáljanak őssejtet.
Az EU versenyképességi minisztereinek határozatával a szöveg most második olvasatban visszakerül az EP elé, és ha elfogadja, akkor 2007. január 1-jével elindulhat az új keretprogram. Sok változást mindazonáltal nem hoz a mostani megállapodás, az idén lejáró hatodik keretprogramban is lényegében hasonló feltételek érvényesek, 70 millió euróból gazdálkodhatott kilenc projekt.
