A genetikailag módosított termékek engedélyezése azért is vált ki nagy vitát, mert a mai napig nem lehet pontosan tudni az ilyen módon „megpiszkált” élelmiszerek az egészségre gyakorolt hosszú távú hatásait. A környezetvédő szervezetek elsősorban a nagy biotech cégek politikai nyomásától és az eredmények meghamisításától tartanak. Ezt a vélekedést alátámasztja az USA magatartása, amely kereskedelmi háborút robbantott ki a módosított élelmiszerek EU-moratóriuma után, nem pedig tudományos rendezésre törekedett – állítja Móra Vera, az Ökotárs Alapítvány elnöke. Ezzel szemben az Amerikai Szójaszövetség magyar képviselője, Zsarnóczay Sándor szerint a génmanipulálás elsősorban a kártevőkkel szembeni rezisztenciát célozza, aminek eredményeként ezeknek a növényeknek a termesztéséhez kevesebb kemikáliára van szükség, így környezetbarátnak mondhatók.
Magyarországon elég vegyes a kép a genetilailag módosított termék lakossági megítélését illetően. Míg a GFK Hungária felmérése alapján inkább károsnak tartják az ilyen élelmiszereket, addig a KÉKI felmérése árnyaltabb képet mutat: a lakosság elsősorban bizalmatlan a gm-élelmiszerekkel szemben – hisz ismeretlenek azok hosszú távú élettani hatásai –, és csak másodsorban ellenzi őket. A géntechnológiát mint módszert egyébként elítéli a lakosság, de elfogadja a célokat, amelyeket ennek révén a fejlesztők el akartak érni. Fontos az új szabályozás szempontjából, hogy az emberek 90 százaléka szükségesnek tartja a génkezelt élelmiszerek címkézését.
