Szlovénia tagadja, hogy megpróbálná blokkolni Horvátország európai uniós felvételét a két ország határvitája miatt. A szlovén kormány álláspontja szerint azért akadtak nehézségei szomszédjának, mert nem képes eleget tenni a szigorú uniós követelményeknek. Ezzel szemben Zágráb úgy véli, Szlovénia a horvát csatlakozás lassításával akarja kicsikarni, hogy a Jugoszlávia felbomlása, 1991 óta rendezetlen tengeri és szárazföldi határaikat a szlovén álláspontnak megfelelően alakítsák.
Ljubljana haragját az keltette fel, hogy Zágráb olyan dokumentumokat nyújtott be brüsszeli tárgyalásai során, amelyekben a két ország határát a horvát álláspontnak megfelelően tüntette fel, és "elfelejtette" jelezni, hogy ezekkel kapcsolatban vitája van Szlovéniával. A szlovén kormány úgy véli, hogy szomszédja így akar kész helyzetet teremteni a határvitában. Horvátország uniós főtárgyalója, Vladimir Drobnjak a napokban hangsúlyozta, hogy országa nem kíván országok közti kétoldalú kérdéseket belekeverni az EU-val folytatott tárgyalássorozatába, és ugyanezt várja el a közösség tagországaitól is. Válaszul a szlovén külügyminisztérium közölte: egyetlen uniós tag sem engedné meg egy felvételét kérő országnak, hogy olyan feltételek szabjon, amelyek hátrányosak a számára.
Tény ugyanakkor, hogy a legutóbbi egyeztetési forduló során Szlovénia megakadályozta, hogy Horvátország és az EU kinyissa a regionális politikáról, a jogrendszerről, a személyes szabadságról és biztonságról, a környezetvédelemről, valamint a tőke szabad áramlásáról szóló tárgyalási fejezeteket. Emiatt a fórumon csak a már korábban napirendre vett külkapcsolatok ügyét tudták lezárni. A tárgyalások 2005-ös megkezdése óta a balkáni ország 21 fejezetet nyitott meg, s eddig 4-et sikerült lezárni.
