Kemény kritikát fogalmazott meg az Európai Uniótól származó pénzek csehországi elosztásával kapcsolatban a Transparency International (TI). A korrupcióellenes szervezet egy, az EU-források felhasználásának hatékonyságát vizsgáló nemzetközi projekt keretei között arra a megállapításra jutott, hogy a közpénzek allokációja nagyon bonyolult, zavaros, nem mindig átlátható rendszerben megy végbe. Az uniós pénzeket öt különböző alapon keresztül osztják el, ezek mindegyike más-más minisztériumhoz tartozik. A pályázók gyakran nehezen jutnak hozzá az információkhoz, amelyek ráadásul olykor már elavultak.
A TI nehezményezi azt is, hogy a tárcák a pályázatok elbírálásánál nagyobb hangsúlyt helyeznek a formai helyességre, mint a tartalomra, és időnként felszólítják a készítőket a hibák korrigálására, máskor viszont nem. A cseh hatóságok emellett nehezen adják ki a szelekciós folyamat eredményére vonatkozó információkat. Csehország 700 milliárd korona (24,3 milliárd euró) támogatást kap a különböző EU-alapokból 2007 és 2013 között öt nagyobb programra, mégpedig egy ipari és vállalkozói, egy infrastrukturális, egy humánerőforrás-, egy vidékfejlesztési és egy regionális programra. A TI szerint azonban más országokban, így Magyarországon, Lengyelországban, Szlovákiában, Észtországban, Lettországban és Litvániában hasonló problémák vannak az alapok elosztásánál.
