Az Egységes Monitoring Információs Rendszer (EMIR) feladatai között az Európai Bizottság által jogszabályban előírt jelentéstételi kötelezettség teljesítésének megkönnyítése mellett kiemelt szerepet játszik az, hogy modern és komplex informatikai rendszerként jelentős mértékben hozzájáruljon a közösségi források ütemes, szabályszerű és átlátható felhasználásához.
Az EMIR-ben a végrehajtás eljárásrendjéhez igazodó modulokat alakítottak ki, amelyek végigkövetik az iktatás, a döntés-előkészítés, a szerződéskötés, a finanszírozás és a számvitel folyamatait. A rendszer további, ellenőrzési, monitoring, illetve szabálytalanság-kezelési funkciókkal egészül ki.
Az EMIR használata – ellentétben a korábbi rendszerekével – nem válik el a pályázatok feldolgozásának folyamatától, a feldolgozást végző személyek napi tevékenységétől. A pályázatokkal kapcsolatos adatok rendszerben történő rögzítése nem a végrehajtási tevékenységen túli feladat, hanem maga a végrehajtás, hiszen az EMIR ad regisztrációs számot az egyes pályázatoknak, ebből nyomtatható ki valamennyi pályázóval történő kommunikáció formalevele a bevitt adatok megfelelő helyre történő automatikus beemelésével. Az EMIR-ben kell rögzíteni a bírálati eljárások jegyzőkönyveit, a támogatási döntéseket, amelyek alapján ez készíti el a támogatási szerződéseket. A megkötött támogatási szerződések alapján beérkező támogatásigénylések alapbizonylatainak, a számláknak a részletes adatait is az EMIR-ben kell rögzíteni, hiszen mindenfajta forráslehívás, illetve kifizetés kizárólag a rendszerben szereplő és a felelősök által jóváhagyott adatok alapján történhet meg.
Az EMIR folyamatos használatát valamennyi irányító hatóság és közreműködő szervezet számára jogszabály írja elő. Az EMIR így egyfelől biztosítja, hogy a felügyelő tárcák és a kormány az NFT előrehaladásáról mindenkor teljes körű információval rendelkezzenek. Másfelől, a rendszerbe épített automatikus ellenőrzési pontokon és dokumentációs kötelezettségen keresztül az EMIR a felhasználás szabályosságának és átláthatóságának is fontos garanciája.
A EMIR az eredeti terveknek megfelelően, 2003 decemberére elkészült. A rendszer folyamatos beállítás és finomhangolás alatt áll épp azért, hogy a lehető legnagyobb mértékben alkalmazkodjék a felhasználói igényekhez, s ezzel a pályázatok feldolgozását és a támogatások felhasználását minél gyorsabbá és átláthatóbbá tegye.
