Az uniós pénzek felhasználását hazai és EU-szervezetek is ellenőrzik. A kedvezményezettek elsősorban a hazai szervezetekkel (különösen az egyes pályázati kiírásokat menedzselő közreműködő szervezetekkel) kerülhetnek kapcsolatba. A többi szervezet inkább a támogatási rendszer egészét (például a közreműködő szervezetek tevékenységét) vizsgálja, de természetesen ennek keretében egyes kedvezményezetteket, projekteket is ellenőriz (mintavétel alapján).
Ellenőrzést végző hazai szervezetek:
– a közreműködő szervezetek – első szintű ellenőrzést végeznek teljeskörűen vagy mintavétel alapján;
– az egyes programokért felelős minisztériumok ellenőrzési szervei és a Kormányzati Ellenőrzési Hivatal – második szintű ellenőrzést végeznek a források legalább 5 százalékára kiterjedően;
– az Állami Számvevőszék.
Ellenőrzést végző európai uniós szervezetek:
– az Európai Bizottság;
– az Európai Számvevőszék.
Az ellenőrzési rendszernek ezenkívül számos további eleme van, például egyes pályázati kiírások esetében a kedvezményezettnek be kell szereznie és a közreműködő szervezet számára be kell nyújtania független könyvvizsgáló jelentését.
