Nemzetközi mintára Magyarországon az 1996-os atomtörvény teremtette meg a Központi Nukleáris Pénzügyi Alapot (KNPA). Az alap fölött az Országos Atomenergia Hivatal (OAH) diszponál, amelynek döntéseit az 1998-ban létrehozott Radioaktív Hulladékokat Kezelő (RHK) Kht. érvényesíti. Az alap a 2000-ben készült, 2114-ig szóló pénzügyi terve szerint 625 milliárd forintot költött volna el a sugárzó hulladékok elhelyezésére, illetve az atomerőmű lebontására. A tervezett befizetés ezzel szemben 350 milliárd forint, a különbözetet az alap kezelése fejében a költségvetés által fizetendő, a jegybanki alapkamattal megegyező kamat pótolja. Az alapban elhelyezett tőke így – Szabó Attilának, az RHK kommunikációs vezetőjének tájékoztatása szerint – 3 százalékos reálhozamot fialna. A bevételi terv a svájci bankokéval vetekedő megbízhatóságot feltételezett a mindenkori magyar parlamentről és kormányról. Ehhez képest az alap már 2000 végén elszenvedte az első „csapást", amikor az Országgyűlés a kétéves költségvetésben megvonta tőle a kamatot. Faragó László, az RHK gazdasági igazgatója szerint a képviselőknek az adhatta az ötletet, hogy a kamat a költségvetési előterjesztésben az alapnak nyújtott támogatás címszóval szerepel, mindenesetre döntésükkel összesen 4,4 milliárd forinttól fosztották meg az alapot. 2003 elején azonban az RHK már ismét számít a – 2002. év után járó – kamatra, amelynek összegét 2,7 milliárd forintra teszi. Az alap legfőbb befizetője egyébként Paks, amely a költségvetésben meghatározott „átalánydíjat” (idén 17,2 milliárd, jövőre 21,08 milliárd forintot) köteles az alapba átutalni, havi részletekben, ez áram-kilowattóránként 1,32, illetve 1,62 forintot jelent. Más intézmények – kórházak, kutatóintézetek – viszont kilóra fizetnek az általuk leadott sugárzó anyag után; részesedésük az alap bevételeiben elenyésző, tavaly csupán 6,5 millió forint volt. Nem a „kamatzűr” az egyetlen oka annak, hogy a KNPA-nak – az inflációs korrekciókon túlmenően is – újra kellett számolnia bevételi és kiadási terveit. Nagyobb érvágást jelentett, hogy az RHK az előtte álló legsürgetőbb feladatot, a kis és közepes aktivitású hulladékok bátaapáti-üveghutai tárolójának felépítését sem végezheti az eredeti ütemezés szerint. 2001 végén ugyanis Matolcsy György akkori gazdasági miniszter újabb négyéves kutatási programot írt elő a helyszín vizsgálatára. A további vizsgálódás kétségtelenül segíthet elhárítani a tervek elleni politikai támadásokat, de az időbeli csúszáson kívül jelentős többletköltséget is okoz. Így a 2000-es tervben szereplő összesen körülbelül 18 milliárd forint helyett az alap most már nominálértéken mintegy 30 milliárdos költséggel számol a bátaapáti tároló kapcsán annak teljes, 2007-re befejeződő kiépítéséig. A nukleáris alap számára egyre növekvő kiadást jelent a lakosság „együttműködésre kész hangulatának kialakítása” is. Erre 2001-ben 575 millió, 2002-ben pedig már 775 millió forint volt az előirányzott összeg. A pénz felhasználásáról az RHK szerződést köt az önkormányzatokkal, tételes elszámolást kérni azonban nincs joga. 2000-ben az OAH véletlenszerűen kiválasztott két ilyen tájékoztatót, amelyekből kiderült, hogy az illető települések részben a szerződéstől eltérően használták fel az alap pénzét – Kalocsa kórházat tatarozott, Gerjen pedig a katasztrófavédelmi rendszerét fejlesztette belőle. Az Állami Számvevőszék 2000. évi jelentésében ezért arra kötelezte az RHK-t, hogy szigorítsa a számonkérést.